Tahun 2029 Masehi. Era di mana jaringan korporat telah menyelimuti bintang-bintang, serta elektron dan cahaya berpacu melintasi dunia. Namun, kemajuan informasi ini belum cukup untuk menghapus batas-batas negara maupun etnis di masa depan yang sangat dekat ini.
Di zaman ketika jaringan informasi telah menyelimuti bumi dalam berbagai lapisan, kejahatan komputer dan terorisme siber telah menjadi bagian dari kehidupan sehari-hari.
Motoko Kusanagi, anggota dari Keamanan Publik Seksi 9 yang dikenal dengan sebutan “Koukaku Kidoutai” (Pasukan Keamanan Publik Lapis Baja), memulai penyelidikan terhadap seorang peretas misterius yang menjadi buronan internasional bernama “Project 2501” atau “Puppet Master”.
Nama kode “Puppet Master” diberikan karena gaya kejahatannya yang khas, yaitu meretas otak manusia untuk memanipulasi ingatan dan tindakan mereka. Meskipun demikian, identitas aslinya masih menjadi misteri.
Dalam rentetan penyelidikan kasus tersebut, Kusanagi tampak semakin dekat dengan sosok sang Puppet Master. Namun sebenarnya, Puppet Master sendiri pun tengah berusaha melakukan pendekatan terhadap Kusanagi. Akhirnya, sang Puppet Master menampakkan wujudnya di hadapan Kusanagi, tapi..
